Retenciones Ganancias

Buenas tardes.necesito hacerles una consulta:
Tengo un proveedor que es despachante de aduanas,el tema es que me realiza facturas por cada operacion en la cual incluye Honorarios y a su vez Servicios (Todo en la misma factura).
¿Como puedo hacer para que me calcule ganancias en base a los conceptos que factura?es decir, por los honorarios por un lado y servicios por el otro (Dado que las alicuotas son diferentes)
La factura la ingresamos con dos conceptos diferentes pero a la hora de sacar el pago suma los conceptos y calcula ganancias por el total tomando la tabla de calculo de ganancias por honorarios.
Intentamos cargarle al proveedor los dos conceptos para poder practicarle ganancias por Honorarios y por Servicios pero solo se puede ingresar un solo concepto.
A su vez si nos liquida en diferentes facturas los Honorarios y los servicios tampoco se soluciona ya que la base que toma es la suma de todas las facturas mensuales y siempre calcula con la tabla de los honorarios.