Buenas tardes, para esto lo que pueden hacer es crear 2 talonarios y 2 tipos de comprobantes nuevos de nota de credito interna (NCI) y nota de debito interna (NDI) que no queden tildados en donde dice interviene en iva ventas y un artÃculo, diferencia de cuenta corriente (por ejemplo) y realizar el credito o debito segun corresponda utilizando este artÃculo y los talonarios creados con otra sucursal, para que no se superpongan con la numeracion real de los comprobantes de ventas. Tambien pueden crear una cuenta ajuste de centavos en tesoreria y utilizarla en el momento del ingreso de la cobranza en mas o menos para dejar cancelado el comprobante sin diferencias.
Saludos.