Fijate en cada etapa, desde modificacion de pedidos, en que caso pasa o se convierte a 0. Tene en cuenta que si el articulo tiene una descripcion que usa mas de un renglon, los adicionales que se usan para la descripcion, es normal que estén en precio y cantidad 0.

1) si grabas te pide autorización. Si después que te pidió autorización, no haces ningún cambio ni cerrar la ventana de preuspuesto, el sistema no vuelve a pedir autorización al pasar a pedido. Eso sólo en las últimas versiones, en versiones viejas volvía a pedir igual. Ahora si cerras el presupuesto y lo volver a abrir, te vuelve a pedir autorización al pasar a pedido. 

2) el pedido, antes de remitirlo, estaba con precio 0? Si ahí estaba bien, desconozco porque tango te cambio el precio del pedido después de remitirlo, no tiene sentido. Si ese es el caso, habría que analizar en detalle el tema.