La facturacion tiene que ser por sucursal ya que cada una emite una orden de compra (el dato tiene que estar en la factura) para el pago de las facturas.

Si queres cuentas corrientes separadas, deberian ser distintos clientes y podrias unificarlos con la funcion de grupo empresario. De esta forma podes ver la cuenta corriente individual y por grupo, y podes imputar comprobantes de un cliente a otro (por ej un recibo puede pagar facturas de varias sucursales).

Puede tener varias cuentas corrientes individuales con disitintos numeros de clientes, unificarlos con la opcion en grupo empresario e imputar comprobantes entre clientes, e ingresar un "unico"recibo a una o mas cuentas corrientes en la misma carga, sin importar que pague con efectivo, cheques, retenciones, etc.?

Como haria la asignacion entre distintas facturas de los clientes dentro del mismo grupo?

Una vez creado, al imputar un comprobante podes elegir la opcion de imputar grupo (en vez de imputar cliente como habitualmente haces) y ahi te aparecen las facturas y recibos de los clientes que componen el grupo..